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Predomina la Regional Preferente
En la temporada 1999-2000 el Club alcanza un cuarto puesto que deja mal sabor de boca al quedar por detrás de Vinaroz, Castellon B y Almazora y no poder alcanzar la promoción de ascenso. En el 2000-2001 El Equipo se proclama campeón, haciendo una extraordinaria campaña, logrando 81 puntos a 12 del segundo clasificado Saguntino, pero en la promoción apareció un Carcagente que eliminaba tanto al Saguntino como al Acero. En la temporada 2001-2002 el puesto fue más discreto al alcanzar un sexto puesto en la clasificación lejos de la promoción. En la 2002-2003 otra vez el puesto sería el cuarto por detrás de Villareal B, Saguntino y San Jordi.
 
En la 2003-2004 el puesto alcanzado sería el segundo por detrás del Puzol, jugando la promoción mediante liguilla con Benicasim, Puzol y Alcira , siendo el Benicasim el equipo que ascendia, sin embargo por los ascensos de Tercera a Segunda B, el Acero ascendía a la Tercera División. En la temporada 2004-2005 en Tercera División el equipo hacía una nefasta campaña consiguiendo solo 22 puntos y descendiendo de nuevo a Preferente. En el 2004-2005 el puesto obtenido sería el cuarto a las puertas de la promoción.
Algunos jugadores de esta época son: Iván Ramírez, Aldasoro, Campano, Juan Pedro Sesé, Moisés, Iván Guerra, Arroyo, Chato, Diego, Pedro Conde. Orón, Oliva, Rubio, De la Rosa, Nestor, etc.
 

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