Con el descenso de categoría en la temporada 1959-1960 el Club militaría en la Primera Regional, aunque por poco tiempo pues se conseguiría un subcampeonato por detrás del Canals que daría por bueno el retorno de nuevo a la Tercera División. En la siguiente temporada 1960-1961 se volvía a competir en el grupo Noveno de la Tercera División con equipos valencianos, y se lograría la permanencia al quedar en novena posición. En la siguiente temporada 1961-1962 el puesto sería el octavo. En la 1962-1963 el puesto sería el decimotercero, aunque hemos de destacar la consecución de la Copa IV del Trofeo radio Valencia por delante de los equipos Oliva, Gandia, Carcagente, Alcira y Saguntino. En la temporada 1963-1964 se da un salto de calidad alcanzando el tercer puesto de la clasificación.

 En la 1964-1965 el puesto sería el sexto. Un año después en la 1965-966 se volvía a quedar en los puestos altos alcanzando un cuarto puesto. En la 1966-1967 la clasificación sería el quinto destacando la Copa Presidente en la que el Club por sistema de eliminatorias alcanzaría el titulo, en una final frente al At.Levante. En la 1967-1968 se volvería a alcanzar la cuarto posición del grupo. Y en la 1968-1969 otra vez sería el cuarto puesto alcanzado por detrás de equipos como el Castellón,Nastic de Tarragona y Levante.

Algunos jugadores de esta época son: Nicolau, Ollacarrasqueta, Mateu, Martí, Suarez, Aznar, Tineo, Gracia, Balanza, Vicentin, Ruiz, Aucejo, Ferrandiz, Figueirido, Caballero, Viseus, Salva, Clavel, Pinilla, Estornell, Debon, Mariano, Aquilino , López, Clavel,Juan Ramón Mtnez. Sose, Belmonte , San Felix, Chiva, Gil, Lloret